Im Jahre 1534 sprach sich eine Täuferbewegung um Obbe Phillips öffentlich gegen erfolgte gewalttätige Ausschreitungen aus.
Diesen „Obeniten“ schloss sich 1536 Menno Simons an, der sich in kürzester Zeit zum wichtigsten Täuferführer entwickelte. Gegen die radikalen Gruppen verstand er es, den verbliebenen Täuferströmungen eine neue, gemeinsame Identität zu geben, in deren geistigen Mittelpunkt die Wiedergeburt und die Absonderung von der Welt standen.
Er vereinte die Täufer in freichristlichen Gemeinden, die daher auch den Namen „Mennoniten“ erhielten.
Im Züricher Raum hatte das Täufertum nur in den ländlichen Gebieten weiter bestehen können, im Emmental konnte sich trotz aller Widrigkeiten eine größere Gemeinde bilden.
Alle Versuche der Behörden konnten die Täufer nicht zur Abkehr von ihren Werten bewegen. Erst nach beginnenden Deportationen, dem Kontaktverbot der Einheimischen zu den Täufern und als die einzige Einnahmequelle aus der Landwirtschaft durch Enteignungen versiegte, entschlossen sich viele Familien zur Auswanderung.
Viele von Ihnen siedelten sich daraufhin im Gebiet des Freiburger Juras, im Elsass, in den Niederlanden oder in der Pfalz neu an, da sie dort Zuflucht fanden.
Gegen 1693 kam Jakob Amman aus Bern ins Elsass. Er warb aktiv unter den Mennoniten für eine deutlich verschärfte Gemeindezucht im Sinne der Dordrechter Bekenntnisse (Siehe Religion). Für die übrigen Mennoniten bedeutete dies eine deutliche Verschärfung, da sie lediglich eine Gemeindeexkommunikation, jedoch bei Verstößen keine Meidung im sozialen Bereich praktizierten. In der Mehrheit der mennonitischen Gemeinden konnte sich diese strenge Bannpraxis nicht durchsetzen.
Jedoch bildeten sich einige kleine Gemeinden im Elsass und später auch in Bayern, Hessen und der Pfalz, die im Sinne von Amman eine schärfere Gemeindezucht ausübten und besonderen Wert auf schlichte Kleidung legte, die die Gläubigen vor Hochmut bewahren sollte. Diese besonders strengen Mennoniten bekamen nach ihrem geistigen Vater den Beinamen „Ammaniten“.
Auf Grund der anhaltenden Verfolgung und Unterdrückung, denen die Mennoniten in Deutschland ausgesetzt waren, wanderte ein Großteil von ihnen bis in das 19. Jahrhundert nach Amerika aus.
